Грађански рат који обухвата Таџикистан послије распад СССР-а трајао је пет година (1992-1997). Различите силе су учествовале у крвопролићу. То су били комунисти, демократи, радикални исламисти, представници разних етничких група. Сусједи, посебно Узбекистан, активно су интервенисали у сукобу. Руска војска је такође одиграла своју улогу. После мирног решења, власт у земљи је заустављена, а Таџикистан је коначно усвојио свој модерни изглед.
Петогодишњи грађански рат у Таџикистану био је директна посљедица распада Совјетског Савеза. Ситуација у земљи почела се загријавати након проглашења перестројке и политике публицитета. Република је имала неколико фактора: незапосленост, баби боом, моћ криминалних банди које су расле заједно са властима, итд. Свему овоме додата је активност демократски оријентисане интелигенције.
У фебруару 1991, погроми руског и арменског дијела становништва догодили су се у главном граду. Искористивши ситуацију, власти су прогласиле ванредно стање. Међутим, то није ослабило демократски покрет, који је, напротив, дошао на површину и интензивирао се. Истовремено, почела је и организација опозиције. Створена је Демократска партија Таџикистана, Странка исламског препорода и покрет "Растохез" (тј. "Ревивал").
У марту 1992., предсједнички и парламентарни избори одржани су широм земље. Комунисти су добили више од 50%, демократе - 35%, исламисти - 10%. У овом случају, земља је заправо подијељена. Памири, Курган-Тиубе и Душанбе гласали су за демократе. Исламисти су добили највећу подршку у Гарму. Кулиаб и Кхујанд били су кључни региони комунистичке подршке. С обзиром на овај сценарио, грађански рат у Таџикистану постао је готово неизбјежан.
Одмах након избора у Кулиабу масакри присталице демократије. Опозиција је са своје стране изјавила да резултати гласања не одговарају стварности и да су намјештени.
Погроми у Куљабу довели су до појаве значајног броја избјеглица. Ови људи су се скупили у Душанбе. У априлу 1992. заузели су Трг Шахидон насупрот палати новоизабраног предсједника земље. Шеф државе Ракхмон Набииев био је комунист, протестанти су захтијевали да он заустави терор. Сваког дана сви нови становници главног града придружили су се демокрацијама. Исламисти су се појавили у Душанбеу - дошли су из Гарм.
КГБ и полиција у том тренутку нису се усудили да распрше опозицију. Власти су одлучиле да крену другим путем. Присталице Комунистичке партије и предсједника стигле су на сусједни трг Озоди. Многи од њих су доведени у главни град из Кулоба. Тако је Душанбе био подељен на два супротстављена табора.
1. маја, људи са трга Озоди покушали су да распрше своје противнике са Схохидон трга. Петог, присталице владе су добиле оружје из председничке палате. Пуцњава је пала на демократе и исламисте. "Схохидон" је почео да хвата ловачке продавнице оружјем. Град је заронио у понор крвопролића. До 10, изгледи су били у корист опозиције. Про-владини "црвени" аутобуси напустили су Душанбе. Главни град је остао у рукама комуниста.
Борбе у Дусханбеу постале су полазна тацка одакле је поцетао градјански рат у Таџикистану. Демократи и исламисти, након што су заузели капитал, нису почели да преузимају власт, већ су га под одређеним условима пренели на бившег председника. Ракхмон Набииев је требало да формира (и формира) коалициону владу. То укључује демократе, комунисте и независне представнике из више региона.
Док је у Душанбеу оживљавао у мајским биткама, грађански рат у Таџикистану се проширио на јужне дијелове земље. У Куљубу је власт прешла на локалне комунисте, чије су трупе почеле да нападају Курган-Тиубе. Противници марљиво наоружани.
Важан фактор у сукобу који је услиједио био је положај руске војске и граничара. Почетком рата, снаге Руске Федерације прогласиле су формалну неутралност. У љето 1992. године водиле су се битне битке у регијама Курган-Тиубе и Кулиаб. Ови региони су брзо уништени. Противници су се појавили тешка оружја и оклопна возила.
Догађаји су одмах показали да је коалициона влада једноставно неспособна. Истовремено, председник је помагао комунистима на све могуће начине, који су се звали и "иурцхики" (именом Андропов). Међу њима су се истакли и њихови властити теренски команданти, на примјер, Сангак Сафиров. Председник Врховног савета Таџикистана Сафарали Кењајев побегао је у Кулиаб. Његово понашање је било карактеристично - политичар је организовао сопствени паравојни одред.
У таквој ситуацији, земља је пала у хаос. Политичари, војска, и генерално сви они који су имали оружје, поделили су републику на властиту баштину. Демократи нису имали довољно снаге да окрену плиму у своју корист. Незадовољство је погоршано чињеницом да су кхујански кланови доприносили "црвеном" Кулабу новцем и другим ресурсима.
Дакле, грађански рат у Таџикистану (1992-1997) није се показао као серија сукоба, већ много година крвопролића. Демократе су почеле чешће да делују заједно са гармијанским вехабијама. Скоро сви млади у земљи су се нашли на фронту. Мушкарци су били укључени у све врсте полиције и полиције, многи су били ангажовани у пљачкању, терору и пљачкању.
У августу 1992. године, у Курган-Тиубеу се догодио монструозни масакр, где су милитанти поразили четвртину у којој је живела узбекистанска мањина. То је било право етничко чишћење - људи су убијани без изузетка. Грађански рат у Таџикистану (1992-1997) промијенио је положај руског говорног становништва земље. Тај дио, који је живио у Курган-Тубеу, спашен је само због интервенције 201. дивизије руске војске.
После летњих битака, опозиција је победила. Исламисти су окупирали Курган-Туб. Међутим, овај успјех је био варљив и имао је многе негативне посљедице за противнике владе. Као што је требало да се деси у таквој ситуацији, победници нису били демократи, радници и студенти, већ непослушни и насилни радикали. Овај преокрет потиснуо је многе умјерене снаге из коалиције, укључујући Бадакхсхан и Душанбе. Становништво руског говорног подручја и руска војска почели су отворено да подржавају „црвени“ Кулиаб. Комунисти су такође добили помоћ од Узбекистана. Вођа ове земље, Ислам Каримов, почео је да снабдева Куљабом оружје и све остало што је потребно да би поразио исламисте.
У Таџикистану су се појавиле добро обучене групе Узбека које су се бориле на страни Иурцхика. У септембру је таква формација, којом је командовао афганистански борац Махмуд Кхудоибердииев, преузео контролу над стратешки важном долином Гиссар.
Почетком децембра 1992. године одржан је састанак Врховног савета у Кхујанду, на којем је одржано важно бацање. Место Ракхмона Набииева заузело је Емомали Ракхмонов, будући победник грађанског рата. До краја године, лојална војска која му је била лојална, срушила је опозицију из Душанбеа. У зиму 1993. године престоница је захватила вал репресије. Чак и „умјерени“ политичари, као и Памир и Каратегин, били су изложени терору.
У јуну, Врховни суд земље забранио је рад опозиционих организација. Након тога, противници Ракхмонове владе ујединили су се у нови блок. Именован је у Уједињеној Тађикској опозицији. Међу побуњеницима који су се придружили организацији, били су демократи и исламисти. На челу тих снага стајао је Саеед Абдулло Нури. Убудуће ће потписати мировни споразум са Ракхмоновом.
Временом, у редовима опозиције, глас његове демократске компоненте постао је све мање и мање уочљив. Студенти и метрополитанска интелигенција током година грађанског рата су или убијени или напустили земљу. Герилске базе су узимале све више и више обичних сељака и радника из Курган-Тиуре и Гарм. Ти људи су побегли од терора који су "црвени" Кулиабови људи починили. Тако је становништво од једног краја до другог пожурило.
Опозиција је имала одвојене логоре у суседном Авганистану. Према разним проценама, око 15 хиљада милитаната је обучено и наоружано тамо у јеку рата. Са њима су радили и пакистански и саудијски инструктори. Таква "помоћ" дефинитивно је ојачала само једну страну - радикалног исламиста. Све то је довело до чињенице да је грађански рат у Таџикистану био само отежан и одложен. Застој је узрокован и чињеницом да се Ракхмонов испрва није сложио са компромисима са својим противницима.
Кријумчарење афганистанских дрога постало је озбиљан проблем који је грађански рат открио. Руске трупе су контролисале дио таџичке границе управо због забринутости да ће нежељена роба завршити у Русији. Међутим, током цијелог рата, трговина дрогом се само интензивирала. Курири су своју робу дистрибуирали кроз плитки Пиањ, гдје није успостављена озбиљна контрола.
Дроге из Таџикистана дошле су у Киргистан и Узбекистан, а одатле у Русију. Рахмонова влада је више пута оптужила опозицију да она постоји само кроз илегалну трговину отровним дрогама. Међутим, током грађанског рата медији су забиљежили такве чињенице са свих страна сукоба. Поред тога, поједини граничари Руске Федерације били су укључени у криминалне активности, што је изазвало олују расправа у руској штампи.
Мировни преговори су почели 1995. године, али дуго су били у трому режиму. Власти су их пружале, надајући се властитој побједи силом оружја. Опозиција је марљиво апеловала на Русију, позивајући на то да би било исплативије да се Москва бави "исламско-демократском" владом.
Око четири године се наставио напад партизанских села и база на подручју Памира, које су водиле снаге из Душанбеа. Таџикистан је остао у неизвесности. Ниједна снага није могла да постигне одлучујући успех. Руска војска се повукла из сукоба крајем 1992. године и била је ограничена само на заштиту граница и стратешких објеката. Ипак, у прољеће 1997. године, када су мировни преговори ушли у завршну фазу, партизани су имали предност - дјеловали су недалеко од Душанбеа. Таџикистан је подијељен између противника у приближно једнаке дијелове. Под овим условима, Ракхмонов је направио одређене уступке.
Конзистентност Ракхмонова одређена је неколико околности. Прво, као што је већ споменуто, он није могао привући руску војску у сукоб. Друго, савез који је крајем 1992. заузео власт у Душанбеу, пропао је врло брзо. Кхујанд, који се истиче богатством, чак је почео да тражи аутономију. Поред тога, стабилизацију су ометали неконтролисани гиссаријанци и кулабијци.
Крајем 1996. године услиједио је још један велики преокрет у рату. Са афганистанске стране, Талибани су ушли у сукоб. Њихова интервенција се показала као значајан фактор. Талибани су добили подршку у Пакистану, Туркменистану и Саудијској Арабији. Нова околност је натјерала противнике да траже заједнички језик.
Историја грађанског рата у Таџикистану је 27. јуна 1997. ушла у завршну фазу - влада и опозиција потписали су коначни мировни споразум. Емомали Ракхмонов је остао председник. Победио је на свим наредним изборима и до данас остаје шеф Таџикистана.
Опозиција је 1997. године добила представништво у парламенту. Када је завршен међуетнички сукоб у Таџикистану, избјеглице су почеле да се враћају у земљу, које је неколико година покушавало да се склони у сусједне државе. Године 1998. 27. јун проглашен је Даном националног јединства. Данас је то главни празник Таџикистана и општи слободан дан.
Једина озбиљна сила која се није слагала са наступом мира су присталице команданта терена Махмуда Кхудоибердииев. Његови побуњеници су неколико месеци држали Курган-Тубе док их коначно није поразила владајућа војска. Неки противници Ракхмонова су се склонили у удаљене планине. Ипак, 1997. се сматра датумом завршетка грађанског рата.