Снажни сан патријарха Никона, који је водио Руску православну цркву од 1652. до 1666. године, био је поновно успостављање комплекса светих места Палестине код Москве. Почео је да га остварује 1656. године, оснивајући манастир на обалама реке Истре, који је касније добио име Свети Ускрсни манастир Нови Јерусалим. У његовој главној катедрали су репродуковане слике, као да потичу са страница еванђеља: Планина Калварија и Пећина Светог гроба, која је постала место сахране и касније ускрснуће Исуса Христа. Према плану најсветијих, православни људи су морали својим очима да размишљају о месту где је Спаситељ жртвовао за њих.
Историчари истичу да патријарх Никон није био први који је дошао на идеју да пренесе слику о Храму Господњем и његовим светиштима на руску земљу. Постоји низ споменика који одражавају утицај Јерусалимског "прототипа". Најупечатљивија међу њима су Цркве Посвета на Рову и план, који је планирао Борис Годунов, који никада није спроведен да би се створио верски комплекс „Свети свети“ у Москви Кремљу, чији је прототип служио истинским местима Христових страсти.
Међутим, идеја је била уграђена у стварање манастира Новог Јерусалима, који је постао омиљено дете патријарха Никона. У оквиру својих зидова, Свети је провео осам година након што је изашао из главног града, ау августу 1681. умро је на путу до њега, враћајући се из егзила, служећи у манастиру Ћирило-Белозерски.
Изградња манастира почела је 1656. године, чак и пре него што је патријарх Никон изазвао гњев суверена Алексеја Михајловића. Користећи краљевску диспозицију, успео је да стекне земљиште за будућу градњу, које је раније било у власништву и које је предато искључиво наслеђем. Налазили су се 60 верста (око 64 км) од главног града на обалама ријеке Истре.
Након регистрације свих докумената о власништву над земљиштем, одабрана област је прошла кроз темељну реконструкцију. Шума је посјечена, а брдо, које је постало мјесто будућег манастира, било је испуњено и темељито ојачано. Од сада је постао познат као Зион, а друга два оближња горја - Фавор и Елеон. Чак је и река Истра преименована, коју је патријарх наредио да назове Јордан.
Године 1662. на њеној обали се појавио први скеч у којем су подигнуте двије мале цркве: Богојављење и Петра и Павла. У исто вријеме, у близини је основан и мањи самостан, који је добио не мање звучно библијско име "Бетхани".
Будући да је изградња манастира Новог Јерусалима за васкрсење била веома велики технички задатак, било је потребно много рада, укључујући и помоћне раднике и обучене мајсторе. Због тога су многи манастирски и патримонијски сељаци одвезени на обале Истре из разних округа Московског округа. То је проузроковало њихово екстремно незадовољство, јер су, одвојени од куће, изгубили прилику да се укључе у своју економију и осудили своје породице на глад.
Као што се догодило у историји већине манастира, изградња манастира Новог Јерусалима започела је појавом дрвених конструкција у традиционалном стилу руске архитектуре. Уз учешће патријарха Никона, створен је читав комплекс таквих структура, чији је центар била Црква за васкрсење.
На својој посвети, одржаној у октобру 1657. године, присуствовао је владар Алексеј Михајлович, који је први пут назвао манастир, подигао 60 верста из Москве, Новог Јерусалима. Са својом лаком руком, ова фраза се заглавила и, након што је добила службени статус, преживјела је до наших дана. Под покровитељством суверена, у кратком времену постао је велики земљопоседник. У разним окрузима Русије, чак и онима који су се налазили на знатној удаљености, за њега су стечена имања од баштине, заједно са њима додијељеним сељачким сељацима.
У септембру 1658. године основана је катедрала за васкрсавање манастира Нови Јерусалим, која је сачувана до данашњих дана и која је главна зграда целокупног архитектонског комплекса. Фаталном подударношћу околности, истовремено је и иницијатор саме изградње, патријарх Никон, упао у империјалну срамоту и уклоњен из главног града. Међутим, под дозволом монарха, током наредних осам година имао је прилику да остане у зидовима манастира и лично надгледа сав обављени посао.
То је трајало све до 1666. године, када је, по одлуци црквеног суда, осрамоћени патријарх избачен из свештенства и послан као обичан монах у Ферапонтов, а затим у манастир Кирило-Белозерски. Са његовим одласком, сав посао у још недовршеном манастиру ускрснућа Новом Јерусалему је заустављен и настављен тек након смрти владара и уздизања на престо његовог наследника, младог цара Федора Алексејевића.
Као што је већ споменуто, 1681. године, враћајући се из егзила и крећући се ка Истри, 76-годишњи Никон - бивши патријарх, и тада обичан монах-рођак - разболио се и умро у близини Иарославла. Међутим, његово тело је испоручено у манастир и по вољи је сахрањено у јужној капели храма.
После Никонове смрти настављена је изградња цркве васкрсења у Новом Јерусалему, ау јануару 1685. одржана је свечана посвећења. До тог времена, узде руске државе биле су у рукама принцезе Софије. Посјетивши манастир као почасни гост, особно је назначила мјесто за изградњу још једног светишта - Цркве рођења, изграђене 1692. године.
Године Петра Великог су биле тежак период у животу већине руских манастира. Невоље у Новом Јерусалему нису биле поштеђене. Смањен је број браће, а издвојена су врло оскудна средства за њено одржавање, док је већина властитих прихода отишла у трезор. Поред тога, од Божјег народа се тражило да снабдевају коње и сточну храну за војску и, по потреби, регруте.
Нешто слободнији, монаси су уздахнули када се царица Елизавета Петровна уздигла на руски трон. Због тога што је, узимајући манастир под њеном заштитом, царица јој је издвојила 30 хиљада рубаља - огромну суму за та времена - успела је да поправи зграде које су почеле да пропадају и да обнови кров ротунде која се срушила 1723. године. Постоји мишљење да је током периода ових радова, делимично промењен стил васкрсне катедрале манастира Новог Јерусалима, на који су градитељи издали одлике московског барока који је тада био модеран. Као карактеристично обиљежје тог времена, може се подсјетити и на смањење пореза плаћених држави, што је омогућило значајно побољшање исхране становника.
Међутим, земаљско благостање монаха показало се краткотрајним, а доласком на власт царице Катарине ИИ поново је замијењен периодом недаћа. Почели су са чувеним Манифестом од 26. фебруара (8. март) 1764. године, према којем је већина монашких земаља била предмет секуларизације, односно заплене у корист државе. Почео је период материјалног пада већине руских манастира.
Из историје васкрсења манастира Новог Јерусалема познато је да је почетком 60-их година КСВИИИ века поседовао 22 хиљаде десетина земље, на којима је живело око 14 хиљада сељака. Али након ступања на снагу Манифеста, све ово богатство је изабрано, а само 30 хектара обрадиве земље и два имања у Москви остала су у поседу монаха. У овом тешком периоду за њих, главне ставке прихода су новчани примици од ходочасника и приватних донација. Што се тиче средстава добијених од државе, њихов обим је износио не више од 30% бивших субвенција.
Током КСИКС века, Ресуррецтион Нев Јерусалем Монастери (Истра) је био један од најпосећенијих центара руског ходочашћа. Проток ходочасника постао је посебно интензиван након што је 1870. године изграђена грана пруге Москва-Рибинск која је пролазила поред ње. Повећан проток готовине омогућио је монасима да изведу низ грађевинских радова. Тако је изграђен камени хотел за богате ходочаснике и хоспицијску кућу, гдје су остали сиромашни. Поред тога, отворена је и бесплатна школа за дјецу из породица са ниским примањима, гдје су добили основно образовање.
Сачувани подаци према којима је у другој половини КСИКС века у манастиру годишње боравило до 35 хиљада људи. Ова велика популарност се може објаснити, прво, јединственом могућношћу да се види обновљени привид светих еванђеоских локалитета, и друго, чињеницом да се удаљеност до манастира Новог Јерусалима, који је око 64 км удаљен од Москве, лако могао превазићи железницом.
Иста слика материјалног благостања и непрестаног духовног живота уочена је у манастиру и почетком 20. века. Само је завршено доласком на власт бољшевика. Већ 1919. године, по налогу Савета народних комесара, манастир је затворен, а његове просторије су служиле за стварање два музеја, од којих је један био посвећен историји овог краја, а други је имао чисто уметнички правац. Временом, ова два центра културе су се ујединила и Државни музеј уметности и историје је преживео до данас. Није било недостатка експоната за њега.
Посетиоци су могли да виде богату збирку црквеног прибора који су "манастири живота" заузели из манастирских цркава, црквених храмова, као и из раније постојећег меморијалног музеја посвећеног сећању онога који је основао манастир Новог Јерусалима. Осим тога, значајно мјесто у изложби било је посвећено умјетничким дјелима из богатог племићког и трговачког посједа Московске провинције.
Нажалост, неки од експоната нису сачувани до данас, јер је за време Великог Домовинског рата територија некадашњег манастира била у окупационој зони, а нацисти су, разоривши васкрсну катедралу, уништили многе историјске споменике који су у њој похрањени. Познато је да су материјали који сведоче о овом варварству најављени током Нуремберг процесс.
У првим послијератним годинама, када је цијела земља оздравила ране протеклих година, почела је планирана обнова уништеног музејског комплекса у граду Истри, али је обим посла био толико велик да су завршени тек 1959. године. У то време није било могуће оживјети само главну архитектонску доминанту, која је некада била позната по манастиру Новог Јерузалема - вишестепеном звонику КСВИИ века.
Оживљавање манастира у његовој првобитној сврси почело је 1993. године тиме што је патријарх Алексеј ИИ овластио свог представника, архимандрита Никиту (Латушко), да преговара са руководством Истринског округа у Москви и управом музеја о преносу ранијег манастира у цркву њене зграде. Тренутак за то је изабран веома добро, јер се у тренутку перестројке одвијао покрет у цијелој земљи како би се имовина незаконито одузела.
Преговори и извршење релевантних докумената нису дуго трајали, а већ наредне године духовни живот у зидовима древног манастира почео је да се наставља. Од првих дана, обновљени манастир је добио статус ставропегијалног, односно независног од бискупијских власти и подређен директно патријарху. У јулу исте године одржан је састанак Светог синода, на којем је одлучено да се именује архимандрит Никита, који је толико много учинио за повратак свога светилишта народу, као шеф Ускрснућа у Новом Јерусалему.
Тренутно, у граду Истри у Москви, уз обновљени манастир, постоји Музеј историје и умјетности. У његовој збирци налази се готово 180 хиљада експоната за које је изграђена погодна модерна зграда. Тако се древни руски град Истра с правом може назвати средиштем религијског и културног и образовног живота.